Aslen Trabzon, Sürmeneli olan Selçuk Bayraktar İstanbul’un Sarıyer ilçesinde 7 Ekim 1979 yılında doğmuştur. Özdemir-Canan çiftinin ikinci çocuğu olarak dünyaya gelen Selçuk Bayraktar eğitim hayatına Sarıyer İlköğretim Okulu’nda başlamıştır. Daha sonrasında Robert Koleji’ne yazılmış ve 1997 yılında mezun olmuştur.

Selçuk Bayraktar mezun olduğu sene İstanbul Teknik Üniversitesi’nin Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği bölümüne kayıt yaptırarak üniversite eğitimine başlamış oldu. Üniversite eğitimi içerisinde Pennsylvania Üniversitesi GRASP laboratuvarına staj başvurusu yapmış ve kabul edilmiştir. 2002 ile 2004 yılları arasında insansız uçaklar konusunda Pennsylvania Üniversitesi’nde yüksek lisans yaptı.

Selçuk Bayraktar yüksek lisansını tamamladıktan sonra, insansız hava araçlarının agresif manevra kontrolü üzerine Massachusetts Teknoloji Enstitüsü’nde ikinci yüksek lisansını yapmıştır. Eğitim süresi içerisinde asistan olarak çalışmış, dünyada ilk kez yapılmış olan İHA formasyon uçuşu deneyleri, uçuş kontrol ve güdüm sistemleri ile yer ve havada koordineli robot takımları hakkında bilimsel çalışmalar yapmıştır.

Türkiye’ye 2007 yılında dönmüş ve Baykar Savunma’ nın teknik müdürü olmuştur. Ekibiyle beraber Baykar Bayraktar TB2 insansız hava aracı sisteminin güdüm ve kontrol sistemlerinin tasarımını oluşturdu. Türk Silahlı Kuvvetleri’nin envanterine ilk insansız hava aracı olarak giren Bayraktar Mini İHA’yı tasarlamış ve Türkiye’nin ilk Taarruzi İnsansız Hava Aracı “Akıncı” (TİHA) sisteminin tasarlanıp, geliştirilmesine öncülük etmiştir.

Tüm bu başarılarının yanı sıra Türkiye Teknoloji Takımı Vakfı’nın mütevelli heyeti başkanı ve kurucularından birisi olan Selçuk Bayraktar aynı zamanda TEKNOFEST’ i düzenlemiştir.

2016 yılında Türkiye Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan’ın kızı olan Sümeyye Erdoğan ile evlenmiş ve bu evlilikten bir çocuğu vardır.